Bij het begin van de ziekte hebben de kinderen hoge koorts - vaak boven de 40oC - die meerdere dagen aanhoudt waarbij paracetamol geen effect lijkt te hebben en antibiotica die door een huisarts of kinderarts zijn voorgeschreven geen effect op de koorts hebben.
Meer dan 90% van de patiënten hebben een ontsteking van het mondslijmvlies en hun lippen, tong en keelholte zijn opvallend fel rood gekleurd. Soms zijn de lippen zelfs bloederig en gebarsten. Bijna altijd zijn de ogen rood door een bindweefselontsteking (niet-pussende conjunctivitis). In meer dan 80% van de gevallen is er een huiduitslag aan romp en ledematen, die veroorzaakt wordt door een vasculitis van de huid. Daarnaast leidt deze ziekte tot een opvallende zwelling en rood-verkleuring van beide handen en voeten, die na één of twee weken overgaat in een schilfering van de huid van vingers en tenen.
Zo'n 75 % van de patiëntjes heeft gezwollen lymfeklieren.
De ziekte van Kawasaki kan, net als de andere vormen van vasculitis, bijna alle organen aandoen, en treft vooral de grote slagaderen. In de grote slagaderen komt het dan in veel gevallen tot een uitstulping van de vaatwand (een aneurysma), veroorzaakt door de ontsteking. Vooral bij echt jonge kinderen kan een plotseling en zwaar ziektebegin leiden tot een risico op het ontstaan van aneurysma's. De ontsteking van de bloedvatwand kan echter ook een vernauwing van het bloedvat tot gevolg hebben en uiteindelijk kan daar een volledige verstopping ontstaan door bloedstolsels. Vooral gevreesd is een ontsteking van de kransslagaderen van het hart. Daardoor kan de doorbloeding van hartspier sterk verminderen met een hartinfarct als gevolg – en dat op zeer jonge leeftijd! Maar ook het weefsel van de hartspier zelf kan bij de ziekte ontstoken raken en tijdelijk een ernstig verminderde knijpkracht en pompfunctie vertonen (myocarditis).
Het ziekteverloop wordt meestal in drie fasen onderverdeeld:
- Na de acute fase met hoge koorts en de hierboven beschreven verschijnselen volgt de zogenoemde subacute fase.
- Het begin van de subacute fase wordt gekenmerkt door het verdwijnen van de koorts. In deze fase ziet men bij bloedonderzoek dat het aantal bloedplaatjes zeer sterk is toegenomen. Het lijkt alsof het in deze fase beter gaat met de kinderen. Zo verdwijnt bijvoorbeeld de koorts. Maar het gevaar op een ontsteking van de kransslagaderen van het hart en de kans op het ontstaan van de gevreesde aneurysma's is dan het grootst. Deze ernstige verschijnselen treden bij circa 25% van de kinderen op (tenzij ze vroegtijdig herkend en behandeld worden).
- In de derde fase, de periode van herstel, nemen de ontstekingen weer af. Als echter de hartkransslagaderen zijn aangedaan tijdens de voorgaande fasen, dan kan een zware en blijvende beperking van de hartwerking het gevolg zijn.